Генетики секвенировали ДНК жившего 200 тысяч лет назад денисовца

Денисовцы представляют собой один из самых малоизученных видов (или подвидов) древних людей, о которых стало известно только в 2010 году. В настоящее время достоверные останки представителей этой архаичной популяции выявили всего лишь в пяти местах: в Денисовой пещере на Алтае, из которой происходит большинство останков, в пещере Байшия (Сяхэ) на Тибете, на памятнике Там-Нгу-Хао-2 в Лаосе, в Тайваньском проливе, где рыбаки случайно выловили часть нижней челюсти, а также в Харбине, где много лет назад китаец раскопал череп так называемого человека-дракона.

До недавнего времени о денисовцах в основном было известно по молекулярным данным. При этом всего лишь один опубликованный геном представителя этого вида ученые прочитали с высокой точностью — ДНК удалось секвенировать из образца Denisova-3, возраст которого составляет примерно 64 тысяч лет. Однако летом прошлого года на съезде Общества молекулярной биологии и эволюции исследователи рассказали, что они секвенировали второй высококачественный геном.

Стефан Пейрень (Stephane Peyregne) из Института эволюционной антропологии Общества Макса Планка вместе с учеными из Германии, Канады, России и США, включая лауреата Нобелевской премии Сванте Паабо (Svante Pääbo), представил результаты анализа этого генома. Хорошо сохранившуюся ДНК палеогенетики выделили из образца Denisova-25, который в 2020 году исследователи из Института археологии СО РАН обнаружили в 17-м культурном слое южной галереи Денисовой пещеры, сформировавшемся примерно 200–170 тысяч лет назад. Находка представляет собой целый коренной зуб верхней челюсти, который по размеру похож на другие моляры денисовцев из этого памятника, но несколько отличается от них по морфологическим признакам.

Ученые прочитали геном этого индивида со средней глубиной покрытия 23,6 раза и определили, что зуб принадлежал денисовскому мужчине (почти все высококачественные геномы архаичных людей принадлежат женщинам). Расчеты, основанные на молекулярных часах, подтвердили приблизительный возраст образца, определенный на основе оптически стимулированной люминесценции культурного слоя и стратиграфии.

Анализ самого генома подтвердил, что ранние и поздние денисовцы из Денисовой пещеры, судя по двум высококачественным геномам, были представителями разных популяций. По оценкам ученых, они разделились между 231 и 204 тысячами лет назад — примерно за 15 ± 2 тысячи лет до того, как жил индивид Denisova-25. Он принадлежал к группе, предки которой неоднократно смешивались с ранними неандертальцами, поэтому в его геноме присутствовало около 3,6–5,2 процента примеси от представителей этого вида древних людей. Похоже, что в последний раз предки Denisova-25 делали это примерно за 7–13 тысяч лет до того, как он родился. Для сравнения: в геноме Denisova-3 ученые насчитали около 1,8–2,5 процента неандертальской примеси.